あるデバッグで、Spartan-6 FPGAがSPI ROMから起動するときの波形を見てみました。

Spartan-6は、電源電圧がある値まで立ち上がるとSPI ROMのコンフィグが開始するようです。
電源の立ち上がりに時間がかかると、完全に上がりきっていないときからコンフィグが開始してしまいます。この写真のケースではそれは問題にはなっていませんが、ちょっと気にはなります。
電源電圧がある程度まで立ち上がったら、遅延時間を待ってからPROGをL→Hにするようなリセット回路が必要ではないかと思います。
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